Номенклатура

Ферменты рестрикции-модификации именуются в соответствии с системой, предложенной в 1973 году Смитом и Натансом.

1. Название фермента начинается с трехбуквенного акронима, в котором первая буква совпадает с первой буквой названия рода, а остальные – с первыми двумя буквами вида организма, в котором данный фермент был обнаружен. Акроним пишется курсивом.

2. Дополнительные буквы служат для обозначения конкретного штамма или серотипа.

3. Римские цифры присваиваются в порядке обнаружения ферментов данного типа у конкретного организма. Дополнительные буквы и цифры курсивом не выделяются, но отделяются пробелом.

Например:

Bsu I – фермент первой системы рестрикции-модификации, обнаруженной у Bacillus subtilis

Eco R V – фермент пятой системы рестрикции-модификации, охарактеризованной у Escherichia coli штаммаRY13.

В учебной и научной литературе наблюдаются значительные различия в написании названий одних и тех же ферментов рестрикции-модификации (в плане курсивного выделения и наличия пробелов). В связи с этим в 2003 году большая группа ученых предложила систематизировать классификацию и номенклатуру ферментов рестрикции-модификации.

1. Предложено отказаться от использования курсива.

2. Все название должно писаться без пробелов.

3. Рекомендовано избегать названий “рестриктаза” и “метилаза”, употребляя вместо этого “эндонуклеаза рестрикции” и “метилтрансфераза”.

4. В случае необходимости, тип ферментативной активности указывать буквами R (эндонуклеазная) и М (метилтрансферазная) перед акронимом – M.EcoRI и R.EcoRI

Ферментативная активность компонентов системы рестрикции-модификации

Эндонуклеазы рестрикции гидролизуют (расщепляют, разрезают, разрывают, рестрицируют) обе цепи ДНК. В зависимости от специфичности разрезания ДНК, образуются продукты, имеющие разное строение концов полинуклеотидных цепочек (рис.1).

Липкие концы имеют выступающие одноцепочечные участки. При этом выступающие участки двух образующихся фрагментов комплементарны друг другу. В силу продольной асимметричности молекулы ДНК, концы ее цепей (3’ и 5’) неравнозначны. Могут образовываться липкие концы с 5’-выступающими нуклеотидами (такие продукты образует эндонуклеаза рестрикции BamHI) и 3’-выступающие липкие концы, когда неспаренные нуклеотиды заканчиваются 3’-концом (такие продукты образует эндонуклеаза рестрикции AatII).

·

Рис. 1. Специфичность эндонуклеаз рекстрикции по типу образующихся при их действии концов фрагментов ДНК.