Федеральное агентство специального строительства

Министерство юстиции Российской Федерации

Федеральная служба исполнения наказаний

Федеральная служба судебных приставов

Государственная фельдъегерская служба Российской Федерации (федеральная служба)

Служба внешней разведки Российской Федерации (федеральная служба)

Федеральная служба безопасности Российской Федерации (федеральная служба)

Федеральная служба Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков (федеральная служба)

Федеральная служба охраны Российской Федерации (федеральная служба)

Главное управление специальных программ Президента Российской Федерации (федеральное агентство)

Управление делами Президента Российской Федерации (федеральное агентство)

II. Федеральные министерства, руководство деятельностью которых осуществляет Правительство Российской Федерации, федеральные службы и федеральные агентства, подведомственные этим федеральным министерствам

Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации

Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения и социального развития

Федеральная служба по труду и занятости

Федеральное медико-биологическое агентство

Министерство культуры Российской Федерации

Федеральная служба по надзору за соблюдением законодательства в области охраны культурного наследия (упразднена Указом Президента РФ от 08.02.2011 № 155)

Федеральное архивное агентство

Министерство образования и науки Российской Федерации

Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам, по Указу Президента Российской Федерации от 24.05.2011 № 673 — Федеральная служба по интеллектуальной собственности; тем же Указом подчинена Правительству РФ

Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки

Федеральное агентство по науке и инновациям (упразднено Указом Президента Российской Федерации от 04.03.2010 № 271)

Федеральное агентство по образованию (упразднено Указом Президента Российской Федерации от 04.03.2010 № 271)

Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации

Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды

Федеральная служба по надзору в сфере природопользования

Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору (подчинена Правительству РФ Указом Президента Российской Федерации от 23.06.2010 № 780)

Федеральное агентство водных ресурсов