Виды государственного контроля можно классифицировать в зависимости от органов, его осуществляющих.

Внутриведомственный контроль проводится исключительно силами и средствами аппарата государственного управления, вышестоящими органами исполнительной власти своей системы. Масштабы этого вида контроля ограничены исключительно соответствующей отраслью или сферой государственного управления. Внутриведомственный контроль — одна из важнейших функций руководства вышестоящих органов исполнительной власти нижестоящими подчиненными организациями своей системы, зачастую он имеет форму проверки исполнения актов и директив своего ведомственного руководства.

Наряду с внутриведомственным контролем и независимо от него действует несколько видов надведомственного государственного контроля, осуществляемого органами представительной, исполнительной и судебной государственной власти.

Государственный контроль органов представительной (законодательной) власти на федеральном уровне осуществляется депутатами Федерального Собрания и формируемыми им органами, прежде всего Счетной палатой РФ и Уполномоченным по правам человека в Российской Федерации.

Для контроля за исполнением федерального бюджета Федеральное Собрание образует Счетную палату, которая является постоянно действующим органом государственного финансового контроля, проводящим контрольно-ревизионную, экспертно-аналитическую и иные виды деятельности, связанные с контролем за законностью и своевременностью движения средств федерального бюджета и средств федеральных внебюджетных фондов в банках и иных финансово-кредитных учреждениях России.

Уполномоченный по правам человека в Российской Федерации рассматривает жалобы на решения или действия (бездействие) государственных органов, органов местного самоуправления, должностных лиц, государственных служащих, если ранее заявитель обжаловал эти решения или действия (бездействие) в судебном либо административном порядке, но не согласен с решениями, принятыми по его жалобе. При проведении проверки по жалобе Уполномоченный по правам человека вправе проводить самостоятельно или совместно с компетентными государственными органами, должностными лицами и государственными служащими проверку деятельности государственных органов, органов местного самоуправления и должностных лиц.

Государственный контроль органов исполнительной власти включает в себя всесторонний общий президентский и правительственный контроль (контроль высших органов исполнительной власти) и надотраслевой функциональный контроль центральных органов исполнительной власти (министерств и ведомств) на федеральном уровне, а в субъектах РФ — губернаторский и правительственный контроль, а также функциональный надотраслевой контроль министерств и ведомств соответствующего субъекта Федерации.

В президентском контроле особо важная роль принадлежит Главному контрольному управлению Президента РФ как самостоятельному подразделению Администрации Президента РФ, основными задачами которого являются контроль и проверка исполнения федеральными органами исполнительной власти и их должностными лицами и органами исполнительной власти и их должностными лицами субъектов РФ, федеральных законов, указов, распоряжений и поручений Президента РФ и Руководителя Администрации Президента РФ; подготовка на основе проведенных проверок информации для Президента РФ о предупреждении нарушений и совершенствовании деятельности вышеназванных органов.

Организация контроля за исполнением федеральных законов, указов и распоряжений Президента РФ, постановлений и распоряжений Правительства РФ органами государственной власти субъектов РФ — также одна из главных задач полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах, которые при организации проверок исполнения в федеральном округе взаимодействуют с другими правоохранительными органами.

Правительство РФ руководит работой федеральных министерств и иных подведомственных ему федеральных органов исполнительной власти и контролирует их деятельность, а по вопросам, отнесенным к ведению Российской Федерации и по предметам совместного с субъектами Федерации ведения, — также за деятельностью органов исполнительной власти субъектов РФ. Правительство РФ вносит предложения Президенту РФ о приостановлении действия актов органов исполнительной власти субъектов РФ в случае их противоречия Конституции РФ, федеральным законам или нарушения прав и свобод человека и гражданина.

Министерства и иные центральные органы исполнительной власти, кpoме ведомственного внутриотраслевого контроля в своей системе, осуществляют, как правило, также и надведомственный межотраслевой функциональный контроль по вопросам своего ведения. Так, например, в числе основных задач Министерства финансов РФ значится финансовый контроль за рациональным и целевым расходованием бюджетных средств и средств государственных (федеральных) внебюджетных фондов.

Государственный контроль органов судебной власти за соблюдением законности и дисциплины в управленческой сфере административно-правового регулирования осуществляется всеми звеньями судебной системы, закрепленной Федеральным конституционным законом РФ «О судебной системе Российской Федерации»: Конституционным Судом РФ и конституционными (уставными) судами субъектов РФ; системой федеральных судов общей юрисдикции от Верховного Суда РФ до районного суда и мировых судей, являющихся судьями общей юрисдикции субъектов РФ; системой федеральных арбитражных судов (Высший Арбитражный Суд РФ, арбитражные суды округов и арбитражные суды субъектов РФ).

В суд могут быть обжалованы как единоличные, так и коллегиальные действия (решения) государственных органов, органов местного самоуправления, учреждений, предприятий и должностных лиц, государственных служащих, в результате которых нарушены права и свободы гражданина, созданы препятствия реализации гражданином его прав и свобод, на гражданина незаконно возложена какая-либо обязанность или он незаконно привлечен к какой-либо ответственности.

Установив обоснованность доводов жалобы, суд признает обжалуемое действие (решение) незаконным и обязывает удовлетворить требование гражданина, отменяет примененные к нему меры ответственности либо иным путем восстанавливает его нарушенные права. При этом процессуальная обязанность доказать документально законность обжалуемых действий возлагается законом на должностных лиц, действия которых обжалуются.