Можно выделить шесть основных методов финансового контроля: наблюдение, обследование, анализ, проверка, ревизия и финансово-экономическая экспертиза.

Наблюдение представляет собой ознакомление с деятельностью объекта контроля без применения сложных комплексных приемов получения и оценки информации.

Обследование — один из основных методов предварительного финансового контроля; оно направлено на исследование отдельных сторон финансово-хозяйственной деятельности. Обследование применяется для оперативного выявления фактов, свидетельствующих о соблюдении финансовой дисциплины (или о ее нарушениях), также определения целесообразности более глубокой, всесторонней проверки подконтрольного объекта. Основная цель обследования — общий анализ финансово-хозяйственной деятельности, выявление ее недостатков. Эта цель достигается путем решения следующих задач: исследования (мониторинга) финансовой документации; выявления финансового состояния объекта проверки; проверки соблюдения нормативных актов в сфере исполнения бюджетных назначений и правильности их оформления; оценки уровня обоснованности и целевого назначения государственных (муниципальных) расходов и т. д.

Анализ представляет собой специальный метод контроля достоверности финансовой документации с использованием аналитических приемов математики. Как правило, объектом финансового анализа являются бухгалтерские счета и балансы, а главной задачей — выявление полноты и своевременности отражения в учете и отчетности налогооблагаемой базы. Данный метод финансового контроля осуществляется финансовыми органами, ведущими расчеты хозяйствующих субъектов по платежам в бюджет и во внебюджетные фонды (налоговыми органами, внебюджетными фондами и т. д.). В результате анализа финансовой деятельности контролируемого объекта производится доначисление налогов или уточнение налогооблагаемой базы, что значительно влияет на рост доходов государственных или муниципальных бюджетов.

Проверка представляет собой один из основных методов финансового контроля и предусматривает исследование определенного круга вопросов в целях выявления нарушений финансового законодательства. В ходе осуществления проверки контролирующие органы анализируют финансовую деятельность объекта, привлекая максимальное количество документальных источников информации. Объектом проверки может быть любая финансовая операция, совершенная территориальными, коллективными или индивидуальными субъектами финансовых правоотношений. Субъектами, имеющими право на проведение проверок, являются практически все органы и агенты финансового контроля. Так, Счетная палата РФ контролирует своевременное исполнение доходных и расходных статей федерального бюджета и бюджетов федератьных внебюджетных фондов; Федератьное казначейство проверяет использование средств федерального бюджета; Центральный банк РФ контролирует осуществление банковских операций, проводит инвентаризацию валютных и иных ценностей, находящихся в денежных хранилищах и кассах кредитных организаций, и т. д.