Создание и деятельность на территории России органов прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры РФ, запрещено законом.

Генпрокуратуру РФ возглавляет Генпрокурор РФ, который назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации РФ. Он имеет первого заместителя и заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Советом Федерации РФ по представлению Генпрокурора РФ.

В Генпрокуратуре РФ образуется Коллегия в составе Генпрокурора РФ (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), других прокурорских работников, назначаемых Генеральным прокурором РФ.

Структуру Генпрокуратуры РФ составляют главные управления, управления и отделы, Главная военная прокуратура, Главное следственное управление, Управление по надзору за расследованием преступлений органами прокуратуры, Управление по надзору за следствием, дознанием и ОРД в ОВД, Управление по надзору за расследованием особо важных преступлений, Управление криминалистического обеспечения и др.

Начальники главных управлений, управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений — помощниками Генпрокурора РФ.

Генпрокурор РФ имеет советников, старших помощников и старших помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений, а также помощников и помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.

Генпрокурор РФ руководит системой прокуратуры, издает обязательные для исполнения всеми работниками органов и учреждений прокуратуры приказы, указания, распоряжения, положения и инструкции, регулирующие вопросы организации деятельности системы прокуратуры и порядок реализации мер материального и социального обеспечения указанных работников. В пределах штатного расписания и фонда оплаты труда он устанавливает штаты и структуру Генпрокуратуры РФ, определяет полномочия структурных подразделений, численность штатов и структуру подчиненных органов и учреждений прокуратуры. Генпрокурор РФ несет ответственность за выполнение задач, возложенных на органы прокуратуры Законом о прокуратуре.

В Генеральной прокуратуре РФ действует Научно-консультативный совет - консультативный орган. Цель — научное содействие органам прокуратуры РФ в выполнении возложенных на них задач. Решения Совета носят рекомендательный характер и принимаются большинством голосов присутствующих.

Информационно-аналитический центр на основании приказа Генпрокурора РФ «Об образовании Информационно-аналитического центра Генпрокуратуры РФ» создан в целях обеспечения Генпрокурора РФ необходимой аналитической информацией для принятия оптимальных решений и мер по предупреждению и борьбе с преступностью.

На основании приказа Генпрокурора РФ «Об образовании управлений Генпрокуратуры РФ в федеральных округах» в 7 федеральных округах были созданы самостоятельные управления Генпрокуратуры РФ.

При выполнении возложенных функций управления Генпрокуратуры РФ не подменяют прокуратуры субъектов РФ, а взаимодействуют с ними и вправе вмешиваться в их деятельность только тогда, когда для устранения нарушений законности полномочий прокурора субъекта РФ недостаточно либо имеются иные причины и обстоятельства.