Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генпрокурором РФ.

Органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генпрокурора РФ - Главный военный прокурор.

Главный военный прокурор имеет первого заместителя и заместителей, старших помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений, и помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.

Структуру Главной военной прокуратуры составляют управления, отделы (самостоятельные и в составе управлений), канцелярия и приемная.

Природоохранные прокуратуры. Эти прокуратуры созданы для усиления прокурорского надзора за исполнением законодательства об охране окружающей среды.

На правах прокуратуры субъекта РФ действует только одна прокуратура — Волжская межрегиональная природоохранительная прокуратура.

Транспортные прокуратуры. Данные прокуратуры действуют на правах прокуратур районов и осуществляют свои полномочия, касающиеся исполнения законов о безопасности движения на воздушном, речном (морском) и железнодорожном транспорте. Транспортные прокуратуры также осуществляют надзор за исполнением законов и соблюдением прав, свобод и законных интересов граждан предприятиями различных форм собственности, которые так или иначе связаны с предоставлением или обслуживанием транспортных перевозок грузов и пассажиров.

Транспортные прокуратуры осуществляют также расследование преступлений, совершенных на транспортных объектах. Одновременно они обеспечивают надзор за законностью административной деятельности органов внутренних дел на транспорте, а также за ОРД, дознанием и предварительным следствием, которые проводят сотрудники транспортной милиции.

Прокуратуры по надзору за соблюдением законов при исполнении назначенных судом наказания и иных мер принудительного характера. Эти прокуратуры создаются для усиления влияния на состояние законности при исполнении уг. наказания в виде лишения свободы и иных мер принудительного характера, назначаемых судом. Указанные прокуратуры действуют на правах районных прокуратур с подчинением прокурорам соответствующих субъектов РФ. На прокуратуры по надзору за законностью исполнения наказания возложены задачи в соответствии со ст. 32 Закона о прокуратуре.

Прокуратуры ЗАТО- 2 специализированные прокуратуры ЗАТО г. Межгорье и комплекса «Байконур» с непосредственным подчинением Генпрокуратуре РФ.