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La création des UniversitésParallèlement à l'ouverture des ports européens au commerce des drogues, des universités se créent en Occident. De Bagdad où les califes ont créé une Université, des professeurs essaiment dans le monde méditerranéen et transforment les hospices religieux en hôpitaux-écoles. Vers 1200, Bagdad est ruinée par l'invasion des Mongols. Les professeurs et les élèves en exil facilitent la création des premières universités en Occident: Bologne (1088), Salerne (1140), Padoue (1222), Paris (1220), Montpellier ((1272) où enseignera le chirurgien le plus célèbre du XIV° siècle, Guy de Chauliac, médecin des papes d'Avignon, Clément VI, Innocent VI et Urbain V. Ses ouvrages feront autorité pendant deux cents ans. Sa "Chirurgica magna" étudie tous les aspects de l'art médical, avec la matière médicale riche de 750 médicaments. L'université de Toulouse est créée en 1224 par le pouvoir royal pour extirper l'hérésie cathare.
A l'origine composées exclusivement de clercs, les facultés de médecine s'ouvrent aux laïcs à condition qu'ils soient célibataires jusqu'en 1452, date à laquelle le cardinal d'Estouteville abolit l'obligation du célibat. L'enseignement essentiellement oral consiste à commenter Hippocrate, Galien, Avicenne, Averroès, Dioscoride sans remettre en question le contenu scientifique de leurs oeuvres mais en développant les qualités de logique et de dialectique dans l'argumentation. De rares dissections sont faites par des barbiers sous l'autorité d'anatomistes, les premières dissections ayant lieu à Bologne, Padoue, Montpellier.
Le savoir médical du temps qui englobe les mathématiques, la cosmologie, l'astrologie, les sciences naturelles, l'alchimie a des origines religieuses, scientifiques et populaires. Le savoir populaire allie pensée magique, recours aux saints guérisseurs, réincarnations des dieux païens et connaissances empiriques essentiellement botaniques transmises de génération en génération. Le courant scientifique (héritier du monde antique) représenté par l'école de Chartres dont le fondateur, l'évêque Fulbert (960-1026), fut le disciple de Gerbert, le pape de l'an mil sous le nom de Sylvestre II, qui a introduit en Europe les chiffres arabes et l'astrolabe s'oppose au courant mystique selon lequel seules les idées immuables et éternelles sont importantes et à la pensée rationnelle d'Aristote.. Pour intégrer ces concepts, l'Eglise favorise, au XII° siècle, l'essor des universités avec un moule théologique, la Scolastique qui tente un équilibre entre raison, révélation et expérience. Au XIII° siècle, des doctrines nouvelles apparaissent. Albert le Grand (1193-1280), voyageur infatigable, curieux de tout, en particulier de physique et de chimie, vulgarisateur d'Aristote expose sa doctrine lors de harangues aux Parisiens sur la place qui porte actuellement son nom, la place Maubert (Maître Albert). Provincial des Dominicains, il aura pour élève, Thomas d'Aquin, alchimiste, théologien, philosophe. Les reliques de Saint Thomas reposent sous le maître-autel de l'église des Jacobins de Toulouse, église de la maison mère des Dominicains. Albert le Grand fait connaître divers composés chimiques: potasse caustique, acétates de plomb et de cuivre. Dans les mêmes années, Raymond Lulle étudie la rectification de l'esprit de vin. Arnaud de Villeneuve, à la suite de l'école de Salerne, introduit dans la médecine l'Eau-de-Vie (1260) qu'il dénomme Eau de l'Immortalité dont il fait une véritable panacée. L'Eau-de-Vie devient un remède vendu exclusivement par les apothicaires contre les maux les plus divers: douleurs, plaies infectées, morsures. Douée dit-on du pouvoir de rajeunissement, elle prend le nom d'aqua vitae.
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