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L’Ecole du CaireIbn-El-Baitar (1197-1248) écrit le « Djami El Marfridat, recueil alphabétique des aliments et des médicaments des trois règnes avec les caractères, propriétés, utilisations et doses. Ibn al-Nafis découvre la petite circulation. Dès le début du IX° siècle, des hôpitaux sont créés et constituent à la fois un centre de soins gratuits pour les pauvres et le lieu d'enseignement et de transmission du savoir médical. Le premier, semble-t-il, est créé à Bagdad, sous l'impulsion du calife Harûn al-Rashid (786-809). Pour subvenir aux dépenses de l'hôpital, une dotation de biens est attribuée (terres agricoles, boutiques du souk et hammams). Parmi les plus prestigieux, l'hôpital al-Mansuri fondé par Saladin au Caire, l'hôpital al-Kabir al-Nuri et l'hôpital al-Adudi fondé en 979 sur les rives du Tigre à Bagdad. Dans ce dernier exercent 24 praticiens dont certains spécialistes en chirurgie et en ophtalmologie.
Les deux fondements de la thérapeutique, l'hygiène et la médication s'appuient sur la connaissance approfondie d'une pharmacopée provenant de l'antiquité. Ainsi, au VIII° siècle, Geber (Gabir ibh Harjyan) se réfère à la théorie des antagonismes, le chaud est l'opposé du froid, le sec de l'humide. Remèdes et maladies s'opposent de même, Contre les maladies du sang, il préconise les substances froides et sèches telles que le vinaigre, les grenades; contre les affections pituitaires, le castoreum, l'Opopanax, l'Asa foetida; contre les affections atrabilaires, l'oignon, la Roquette, le miel; contre les affections biliaires, les courges, le mucilage de Psylium. La médecine arabe introduit des drogues nouvelles, café, camphre, noix d'Arec, gomme adragante, gomme arabique, manne, noix muscade, ambre. Grâce aux découvertes du sucre de canne, de l'alcool, du vinaigre, les mdecins créent diverses formes pharmaceutiques: juleps, sirops, conserves avec le sucre; elixirs, oénolés avec l'alcool, oxymels avec le vinaigre. Les médecins arabes manifestent un grand intérêt vis-à-vis de la chimie. A la place des procédés de fusion des métaux, ils proposent des techniques de dissolution dans les acides nitrique, sulfurique, chlorhydrique et l'eau régale. Grâce à ces techniques et à celles d'évaporation, de distillation, de sublimation, de cristallisation, de calcination dans des creusets, cornues, alambics qu'ont fait connaître les verriers syriens et égyptiens, les chimistes arabes effectuent diverses combinaisons chimiques: nitrate d'argent, oxyde de mercure,, sulfate de cuivre, alun. D'ailleurs, chimie, alambic, alcali, alcool, alun, benjoin, borax sont des termes dérivant de l'arabe. Sont utilisées des pierres précieuses, grenat, hyacinthe, topaze, émeraude, saphir, pierre d'aigle ou sesquioxyde de fer hydraté naturel. La profession de préparateur de médicaments, devenue distincte de celle de médecin, s'organise. Sont créées des pharmacies publiques aussi bien qu'hospitalières. Des réglementations professionnelles mises en place par les Arabes seront reprises en 1220 par Frédéric II dans le royaume de Naples et lors de la création des diverses communautés religieuses. Au XIII° siècle, le calife Alimanzur crée à Bagdad une officine. Sont utilisées des drogues végétales telles que l'Anis, l'Aunée, le Benjoin, le Bétel, la Bourrache, le Cachou, la Casse, la Coloquinte, la Cannelle, le Fumeterre, la Noix vomique, le Safran, les clous de Girofle, la manne, la Noix Muscade, le Pavot blanc, le Pyrèthre, la Rhubarbe, le Romarin, la Rose, le Santal, le semen-contra, le camphre.
Le savoir médical arabe sera transmis à l'Occident par les Croisés de retour d'Orient et par les interpénétrations des deux civilisations plus particulièrement en Andalousie grâce au rôle éminent de l'école de Cordoue et en Sicile. Constantin l'Africain, savant arabe terminera sa vie au Mont Cassin et contribuera ainsi à la transmission de l'Art médical à l'Occident. Il est l'auteur de " l'Antidotaire des médicaments simples" et de" Remarques sur les plantes".
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